Стоян Стоянов е роден през 1969 г. Магистър е по право и по противодействие на престъпността и опазване на обществения ред от ВИПОНД - МВР. През 2013 г. в Академията на МВР му е присъдена образователната и научна степен "доктор" по организация и управление извън сферата на материалното производство (национална сигурност). Преподавател е в Академията на МВР.
Работил е в органите на МВР, като е заемал оперативни длъжности в 04 РПУ - СДВР; сектор 01 "Убийства", направление "Криминална полиция" - СДВР, и НСБОП - МВР.